Hallo
Wenn du mit Filezilla Dateien hochlädst, die einen bereits vorhandenen Namen haben, kommt eigentlich eine Meldung, was Filezilla nun tun soll. Dort kannst du dann auswählen ob er die bereits vorhandenen Dateien überschreiben soll, und so weiter.
Kam diese Meldung bei dir nicht als du es hochgeschoben hast?
Was auch helfen kann ist ein Vergleich zwischen deinem Quelltext auf dem Rechner und dem im Browser angezeigten Seitenquelltext. Also die Seite aufrufen, rechtsklick und "Seitenquelltext anzeigen" lassen. Und dann einfach mal vergleichen. Meistens sind es kleine Schreibfehler, und die kann man so auch finden :)
Ich vermute mal das du die Seiten, die du geändert hast, über ein Menü in der index.html aufrufst (oder wie auch immer deine Hauptseite heißt). Wenn du den Seitenquelltext anschaust, achte mal darauf ob die Dateinamen in den Links richtig geschrieben sind, sprich, er auch die richtigen Seiten öffnet. Da kann sich der Fehlerteufel auch einschleichen.
Wichtig wäre aber zu wissen, ob dir die Warnmeldung von Filezilla angezeigt wurde, dass die Dateien bereits auf dem Server vorhanden sind und er wissen will ob er sie überschreiben soll.
Gruß
Des Kasperle :)